Fue capital del cacicazgo de Tlallipan (Tlalipan). Habitó el lugar una tribu de origen náhuatl. Hacia 1532 Nuño de Guzmán comenzó a mandar exploradores a estas tierras desde la Villa del Espíritu Santo de la Mayor España, hoy Tepic, Nayarit, y fue entonces cuando los moradores quedaron sujetos a la corona española.

Cuando Nuño de Guzmán abandonó Nueva Galicia, repartió los dominios entre sus más esforzados capitanes Juan y Cristóbal de Oñate, Juan Fernández de Hijar, tocándole a este último Tlallipan. Entró pacíficamente al poblado hacia 1540. A la llegada de los peninsulares, Talpa se encontraba en lo que ahora se conoce como Barrio Alto, al sureste de la actual población.

En 1599, al establecerse los ricos minerales de Aranjuez, se avecindaron las primeras familias españolas. Fue así como por un decreto de la Real Audiencia de Guadalajara vio la luz primera el pueblo que recibió el título de Santiago de Talpa.

La Carta Magna del 57 no fue bien recibida. Remigio Tovar se levantó en armas, adhiriéndose al partido conservador. El general Juan Nepomuceno Rocha lo derrotó en el Cerro de los Ocotes y le causó 7 bajas.

Talpa resultó un acogedor refugio para los políticos influyentes cuando Guadalajara cayó en poder de los conservadores. Fue asimismo una especie de cuartel general de las tropas gobiernistas que entraban y salían sin encontrar resistencia alguna, durante esta época en que se escenificaban encuentros y refriegas entre los dos bandos y de inestabilidad política, surge por estos rumbos el coronel Antonio Rojas, quien recibió la encomienda de pacificar la región y de combatir a Remigio Tovar, quien tenía como centro de operaciones la plaza de Mascota. Rojas, por sus instintos piromaníacos y su gran crueldad recibió pronto el mote de “El Nerón de Jalisco”.

El 8 de noviembre de 1871 Porfirio Díaz proclamó el Plan de La Noria y se levantó en armas, siendo derrotado por el general Alatorre. Después de abandonar la ciudad de México, permaneció algunas semanas en Talpa disfrazado de fundidor de campanas. Durante la Revolución el poblado se fortificó de los ataques carrancistas integrando una junta general de vecinos y formando un cuerpo de defensa local que vigiló la plaza; pero el 23 de junio de 1913 se presentó el jefe carrancista Santos Arreola a pedir la rendición, pero el mal tiempo los obligó a huir.

En 1844 se establece ayuntamiento; el 30 de abril de 1871 se forma un departamento comprendiendo las municipalidades de Talpa y Tomatlán, siendo Talpa la cabecera. De 1825 a 1844 perteneció al 6° cantón de Autlán de Navarro. El 18 de septiembre de 1885 por decreto número 155 el poblado fue elevado a la categoría de villa con el nombre de Talpa de Allende en honor del jefe insurgente Ignacio Allende.